“Moğol” üçlemesinin ilk filmi olan CENGİZ HAN, genç Timuçin’in savaşarak esaretten kurtuluşunu ve dünyanın yarısını ele geçiren uçsuz bucaksız Moğol İmparatorluğu’nun kurucusu olan Cengiz Han ünvanına sahip oluşunu konu alıyor.

Esugei Kağan dokuz yaşındaki oğlu Timuçin ile Moğol bozkırlarında Merkit boyuna gelin seçmeye giderler. Böylece Esugei Kağan Merkitlerle yıllarca süren düşmanlığa bir son verip barış sağlayabilecektir.  Ancak Timuçin yolda dinlenmek için durdukları bir kabileden eşini seçer.  Bu durum Merkitler ile yapılacak barışa engel olur.  

Geri dönerken düşmanları tarafından zehirlenen Esugei ölür ve dokuz yaşındaki Timuçin kabilenin başına geçer.  Timuçin ve ailesi geniş bozkırlarda göçebe hayatı yaşarlar, avlanarak yaşamlarını sürdürürler.

Kabilenin yeni kağanı olan Targutai, ileride kabilenin kağanı olacak Timuçin’i öldürmek ister. Ancak Moğol halkının kurallarına göre bir çocuk asla öldürülmez.  Bunun için Targutai onu esir alır ve öldürmek için büyümesini bekler...